Reply to comment

В лаборатории расширяются исследования в области вычислительной протеомики. Для курирования новых проектов к нам присоединилась Кира Вяткина — специалист из СПбГУ в области вычислительной геометрии и алгоритмов на графах. Для того, чтобы сотрудники лаборатории, стажёры и все заинтересованные лучше разобрались в вычислительной протеомике, мы начинаем 4 июля серию семинаров  Computational Proteomics Bootcamp. Чуть позже будет опубликовано подробное расписание и программа.

Также, из последних новостей — разрабатываемый в лаборатории геномный ассемблер уже собирает бактериальные геномы (в частности E.Coli) на ноутбуке за приемлемое время. На данный момент дописывается функциональность разрешения повторов по парным ридам и унифицируется общая архитектура графа. В течение двух месяцев мы планируем активно участвовать в конкурсе Assemblathon-2, в котором необходимо собрать неизвестные последовательности геномов рыбки Maylandia zebra, удава Boa constrictor constrictor и попугайчика Melopsittacus undulatus. Помимо сборки больших геномов, мы планируем разработать алгоритмы и кастомизировать ассемблер для работы с технологиями Single-Cell Sequencing для сборки геномов бактерий, живущих в экстремальных условиях и недоступных для секвенирования стандартными методами.

Поздравляем Сергея Нурка с отличной защитой диплома на кафедре системного программирования мат-меха СПбГУ на тему "Разработка алгоритмов обработки графа де Брюина в задаче геномного ассемблирования"!