Инструмент для измерения качества геномных сборок QUAST теперь приспособлен для оценки метагеномных сборок. Программе можно передать несколько референсных геномов, на выходе будет набор таблиц со статистиками:
1. для всех контигов с учетом выравнивания на склеенный из всех референсов геном (при этом отдельно считаются как translocations ошибочные контиги, собранные из кусков разных геномов);
2. для контигов, хотя бы частично покрывающих один из переданных геномов — по таблице на каждый референс;
3. отдельно для контигов, не выровнявшихся ни на один геном.
metaquast.py contigs_1 contigs_2 ... -R reference_1,reference_2,reference_3,... -l SPAdes,IDBA-UD
-l SPAdes,"Assembly 2",Assembly3
-l "SPAdes 2.5, SPAdes 2.4, IDBA-UD"
Ещё одно изменение: вместо --allow-ambiguity теперь используется опция --ambiguity-usage (-a). Она позволяет указать способ учета неоднозначно выровненных контигов: -a one, -a all или -a none.
Также исправлен баг в определении мисассемблов.
English