Skip to main content

JCVI used SPAdes in their study of Porphyromonas gingivalis

A team of researchers led by scientists from the J. Craig Venter Institute (JCVI) successfully applied SPAdes in their breakthrough study outlining the recovery and genomic analysis, using single-cell genomic techniques, of a periodontal pathogen, Porphyromonas gingivalis, from a hospital sink. The team, led by JCVI’s Jeffrey McLean published their study in the April 5, 2013 edition of the journal Genome Research.

http://genome.cshlp.org/content/early/2013/03/27/gr.150433.112.abstract

JCVI press release

 

The Sanger Institute used SPAdes in their study of Chlamydia trachomatis

The Sanger Institute used SPAdes in the first large single cell study of clinical pathogens for Chlamydia trachomatis beingresponsible for sexually transmitted infections and the blinding disease trachoma, which affect hundreds of millions of people worldwide.The results obtained by the group of researchers led by Nicholas R. Thomson appeared in Genome Research on March 22, 2013.

http://genome.cshlp.org/content/early/2013/03/21/gr.150037.112

Rosalind will be used for a Coursera course

Rosalind will be used for an online Bioinformatics Algorithms course on Coursera to be given by Dr. Pavel Pevzner in Fall 2013.

Rosalind is named the Best Bioinformatics Educational Resource of 2012

The bioinformatics blog www.homolog.us named Rosalind the Best Educational Resource in the article "Top Bioinformatics Contributions of 2012".

Rosalind receives a $25,000 grant

The Rosalind educational portal recieves a $25,000 grant from Yuri Milner and Pavel Durov in the frame of "Start Fellows" project. 

http://www.ferra.ru/ru/techlife/news/2013/03/14/Start-Fellows-new-research-grants/

Вышла версия 2.4 геномного ассемблера SPAdes

Новая версия геномного ассемблера SPAdes только что вышла в свет. 

Основная особенность этой версии — модуль, исправляющий ошибочные нуклеотиды. Это позволяет значительно сократить число замен, делеций и вставок в контигах и скаффолдах.
 
SPAdes 2.4 теперь также включает алгоритм разрешения повторов, основанный на прямоугольном графе. Это опциональный модуль, который может быть использован вместо стандартной процедуры разрешения повторов. Алгоритм на основе прямоугольных графов был раньше выпущен отдельно от ассемблера SPAdes, и поэтому его было труднее использовать. Теперь алгоритм можно попробовать, выставив одну доволнительную опцию при запуске ассемблера.
 
Кроме того, мы сократили потребление памяти в модуле корректировки ридов, а также улучшили качество сборки данных, полученных из клонированных клеток. Кроме того, мы исправили несколько небольших багов, некоторые из которых сообщили наши пользователи. Спасибо за ваши отзывы!
 
И в завершение, хорошие новости для пользователей Маков — теперь у нас есть бинарники для Мак-ОСи!
 
Вы можете скачать SPAdes 2.4 здесь.

Новые рубежи в оценке качества геномных сборок

http://de.wikipedia.org/wiki/Pinsel#SpezialpinselQUAST — это инструмент для измерения точности геномных сборок. Он оценивает сборки по разлчиным показателем (как с использованием референсных геномов, так и без) и генерирует красивые отчёты и графики, помогающие сравнивать качество разных сборок.

1. Статья «QUAST: инструмент оценки качество геномных сборок» принята в журнал «Биоинформатика». Смотрите способы сослаться на статью в этом BibTeX-документе.

2. Выпущена версия 2.1. Новые опции, распараллеливание и улучшенные подсчет вставок/удалений.

3. QUAST скачали более 1000 раз, в основном из США и России.

QUAST 2 — инструмент для оценки качества сборок

Лабораторией выпущена новая версия инструмента QUAST. Более точная в оценке качества и тоньше настраиваемая. Смотрите список изменений (англ.).

QUAST можно скачать с Сорсфорджа, либо воспользоваться веб-интерфейсом.

Sibelia 2.1: теперь работает с несколькими геномами сразу!

Sibelia 2.1 теперь работает сразу с несколькими геномами. Кроме того, увеличена точность определения границ блоков.

Выпущен модуль, работающий с прямоугольными графами

Модуль для разрешения повторов с помощью прямоугольных графов выпущен в свет.

Хотя реализация такого подхода уже включена в поставку ассемблера SPAdes, мы также выпускаем этот модуль отдельно.

Этот модуль можно запустить с другими геномными ассемблерами, если они используют такой же формат файлов для хранения графов, как и SPAdes.

Syndicate content