Лаборатория алгоритмической биологии

В прошлую пятницу, 31 августа 2012, в лаборатории прошли презентации стажёров о проектах, которые они делали этим летом:

• Павел Авдеев (ИТМО): MGRA (Multiple Genome Rearrangements and Ancestors) server (слайды, отчёт)
• Ирина Горбунова (СПбГУ) и Илья Чернявский (СПбАУ): ECHO + BH + GraphLab + IonTorrent для BH (слайды, отчёт)
• Алексей Кладов (СПбГУ): Rosalind и BayesHammer (слайды, отчёт)
• Татьяна Кривошеева (МГУ): Scaffolding in PathExtend (отчёт)
• Илья Минкин (СПбАУ): SyntenyFinder: A Synteny Blocks Generation and Genome Comparison Tool (слайды, отчёт)
• Иван Михайлин (СПбГПУ): Transposition Diameter (слайды, отчёт)
• Александр Опейкин (СПбАУ): Speeding up SPAdes (слайды, отчёт)
• Таисия Пеунова (СПбГУ): Свойства покрытия генома и контигов, поиск мисассемблов (слайды, отчёт)
• Владислав Савельев (СПбАУ): QUAST server (слайды, отчёт)
• Яна Сафонова (ННГУ): Секвенирование высоко полиморфных диплоидных геномов (слайды, отчёт)

Today we've also released first version of QUAST to public! QUAST is the ultimate tool to evaluate genome assemblies by computing various metrics (e.g., N50, number of ORFs, etc.), drawing plots and producing handy reports.

We use it every day to improve SPAdes single-cell assembler. Enjoy and we would be happy to hear your feedback.

We have just released new version of SPAdes 2.2 single-cell assembler!

Improvements of SPAdes 2.2 over previous versions:

• simplified installation process,
• decreased RAM usage (35 Gb instead of 85 Gb on E.coli single-cell dataset),
• increased speed (about three times faster),
• better results (larger N50, largest contig, number of found genes and others).

You can download SPAdes 2.2 from this page.

The lab have got two papers accepted to WABI this year. 12th Workshop on Algorithms in Bioinformatics will be held in Ljubljana (Slovenia) on September 10-12, 2012. The papers are:

• Nikolay Vyahhi, Son K. Pham, Pavel Pevzner. "From de Bruijn Graphs to Rectangle Graphs for Genome Assembly".
• Natalie E Castellana, Andrey Lushnikov, Piotr Rotkiewicz, Natasha Sefcovic, Pavel A Pevzner, and Adam Godzik, Kira Vyatkina. "MORPH-PRO: A Novel Algorithm and Web Server for Protein Morphing".

Поздравляем Алексея Гуревича и Андрея Пржибельского с отличной защитой магистерских диссертаций в СПбАУ РАН! За год ребята прошли весь путь от стажировки до постоянной позиции в лаборатории, а их работы посвящены двум важным аспектам в задаче сборки геномов:

• Алексей Гуревич "Разработка методов оценивания качества сборки геномных последовательностей [слайды]
• Андрей Пржибельский "Разрешение повторов по графу де Брюйна" [слайды]

Также поздравляем Алексея с красным дипломом и надеемся на скорую защиту кандидатских ☺

В понедельник 4 июня прошли защиты научных проектов магистрантами 5 курса специализации алгоритмическая биоинформатика, а также студентами курсов по биоинформатике при СПбАУ РАН.

Тематика работ самая разнообразная: от статистических подходов исправления ошибок в данных секвенирования геномов, через алгоритмы нахождения консервативных участков ДНК с помощью графов А-Брюйна, до определения сайтов связывания у белков в применении к биотопливу.

Слайды презентаций можно посмотреть по ссылкам:

• Дмитрий Грошев, Ирина Горбунова: Echo + баесовская кластеризация.
• Алексей Диевский: Перспективы низкоуровневой оптимизации современных выравнивателей.
• Михаил Звагельский: ProtGen.
• Анна Иголкина: Сравнительный анализ белков с целлюлазной активностью.
• Сергей Князев: Ancestral Genome Construction And Multiple Genomes Comparison.
• Сергей Лебедев: Consequence.
• Илья Минкин: Genomes Comparision via de Bruijn graphs.

Сотрудники лаборатории алгоритмической биологии посетили симпозиум, посвященный открытию центра геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского, а также сделали два доклада на симпозиуме о геномном сборщике SPAdes. Центр Добржанского открыт профессором Стивеном О'Брайеном, выигравшем «мегагрант» второй волны совместно с Санкт-Петербургским государственным университетом. Основной задачей проекта является создание лаборатории, в которой специалисты в области генетики и биоинформатики, студенты и научные сотрудники будут разрабатывать, испытывать и внедрять инновационные компьютерные методы для сборки геномов позвоночных животных, аннотации и обнаружения генов, выявления их функций, с последующим внедрением полученных результатов в здравоохранение и охрану природы.

Между лабораторией алгоритмической биологии и лабораторией профессора О'Брайена в СПбГУ планируется тесное сотрудничество по проектам, связанным с алгоритмами и методами анализа больших объемов геномных данных.

We've visited RECOMB-seq and RECOMB (16th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology) in Barcelona! That was amazing conference, full of interesting people and fascinating talks on computational molecular biology, including our paper on PATH-SETS and Pavel's presentation of the SPAdes single-cell assembler. Most of the talks this year were focused on sequencing and genotyping technologies and algorithms, evolution, structural and functional genomics and molecular sequence analysis.

Just to remind, we'll hold the following RECOMB satellite conferences in St. Petersburg in August 2012:

• RECOMB Algorithmic Biology (AB), 27-29 August 2012.
• RECOMB Bioinformatics Education (BE), 26 August 2012.

We'll be glad to see you there.

We are glad to announce our Genome Assembler SPAdes release (with integrated error correction tool BayesHammer).

You can download manual with installation guide and try SPAdes.  Please send all your comments to SPAdes support.

Лаборатория алгоритмической биологии совершила настоящий прорыв в биоинформатике: собран геном чебурашки!

Также анонсировано начало работы по сборке генома слонопотама и ведутся переговоры о сотрудничестве с японским биоинформатическим сообществом в масштабном проекте по сборке геномов всех покемонов.