Лаборатория алгоритмической биологии

Опубликовано расписание буткемпа по вычислительной протеомике и список статей, вынесенных на обсуждение. Буткемп начнётся в ближайший понедельник (4 июля 2011) в Академическом университете.

В лаборатории расширяются исследования в области вычислительной протеомики. Для курирования новых проектов к нам присоединилась Кира Вяткина — специалист из СПбГУ в области вычислительной геометрии и алгоритмов на графах. Для того, чтобы сотрудники лаборатории, стажёры и все заинтересованные лучше разобрались в вычислительной протеомике, мы начинаем 4 июля серию семинаров  Computational Proteomics Bootcamp. Чуть позже будет опубликовано подробное расписание и программа.

Также, из последних новостей — разрабатываемый в лаборатории геномный ассемблер уже собирает бактериальные геномы (в частности E.Coli) на ноутбуке за приемлемое время. На данный момент дописывается функциональность разрешения повторов по парным ридам и унифицируется общая архитектура графа. В течение двух месяцев мы планируем активно участвовать в конкурсе Assemblathon-2, в котором необходимо собрать неизвестные последовательности геномов рыбки Maylandia zebra, удава Boa constrictor constrictor и попугайчика Melopsittacus undulatus. Помимо сборки больших геномов, мы планируем разработать алгоритмы и кастомизировать ассемблер для работы с технологиями Single-Cell Sequencing для сборки геномов бактерий, живущих в экстремальных условиях и недоступных для секвенирования стандартными методами.

Поздравляем Сергея Нурка с отличной защитой диплома на кафедре системного программирования мат-меха СПбГУ на тему "Разработка алгоритмов обработки графа де Брюина в задаче геномного ассемблирования"!

Завершился наш первый проект в области вычислительной протеомики в тесном сотрудничестве с UCSD! Яков Сироткин готовит MS-Align к релизу уже в мае 2011 как открытый инструмент анализа протеомных данных. MS-Align доказал свое превосходство над другими алгоритмами для top-down mass spectrometry, технологии протеомики следующего поколения. Этот проект обсуществляется в тесном сотрудничестве между Xiaowen Liu из UCSD и сотрудником нашей лаборатории Яковом Сироткиным. MS-Align был разработан в сотрудничестве с исследователями-экспериментаторами из University of Washington и Pacific Northwest National Lab.

Лаборатория начала новое сотрудничество в области протеомики с Михаилом Дубиной из Санкт-Петербургского Академического университета по идентификации пептидов, полученных с помощью undirected peptide synthesis.

Лаборатория начала новое сотрудничество в области протеомики с Кирой Вяткиной из Санкт-Петебургского Государственного Университета. Целью сотрудничества является разработка нового алгоритма морфинга белков и запуск веб-сервера для морфинга белков. Морфинг белков является важным шагом в разработке лекарственных препаратов, который используются многими исследователями по всему миру.

Несколько раз в неделю в лаборатории происходит обсуждение проектов. Исследователи рассказывают о своих новых идеях, алгоритмах и реализованных модулях геномного ассемблера, разрабатываемого в лаборатории. Дело движется семимильными шагами и, кажется, уже через несколько месяцев мы сможем выпустить первую версию работающего ассемблера бактериальных геномов.

На данный момент мы ищем в команду талантливых алгоритмистов и С++ разработчиков. Если Вы знаете таких или сами являетесь таким, покажите им (себе) эту ссылку на вакансию.

Ведущий учёный Павел Певзнер приехал в Санкт-Петербург, чтобы лично руководить исследовательскими проектами лаборатории. В соответствии с условиями мегагранта, Павел пробудет в России ближайшие 4 месяца.

Вместе с тем, научный директор лаборатории, Максим Алексеев, вернулся с конференции RECOMB 2011, проходившей в Ванкувере. А Николай и Яков вернулись из плодотворной поездки в UCSD (Калифорния). Ближайшая неделя обещает быть интересной.

Сотрудники лаборатории Николай Вяххи и Яков Сироткин приехали с научным визитом в University of California, San Diego, где в течение 10 дней будут усиленно работать с коллегами из UCSD Bioinformatics Lab над текущими проектами лаборатории — ассемблингом геномов и вычислительной протеомикой.

Санкт-Петербургский Академический Университет РАН вновь объявляет приём в магистратуру. В этом году на кафедре математических и информационных технологий при участии нашей лаборатории открыто третье направление: алгоритмическая биоинформатика. Первые собеседования пройдут уже в апреле, спешите заполнить форму приёма!

Информация о приёме и требования для специализации "Алгоритмическая биоинформатика".

Часто задаваемые вопросы.

Пост на Хабрахабре.

Сотрудники лаборатории изучили основные статьи и последние наработки в области геномного ассемблирования, посмотрели на практически все существующие ассемблеры, зажглись новыми идеями и уже начали реализовывать прототип ассемблера бактериальных геномов на С++.

Boot Camp закончился, но внутри лаборатории ежедневно обсуждаются последние статьи по геномным ассемблерам и применяемым в них алгоритмам. Например, вчера мы разбирали rrrarray, а сегодня ассемблеры IDBA и SOPRA.

Несмотря на насыщенное расписание, Bioinformatics + Assembly Boot Camp продолжается и мы до сих пор помещаемся только в большую лекционную аудиторию :)

Сегодня днём Серёжа Нурк и Саша Сироткин рассказали про современные методы секвенирования и геномные ассемблеры. Саша Куликов объяснил, как построить suffix array и longest common prefix за линейное время. В данный момент Миша Дворкин рассказывает про энтропию, оптимальное сжатие и и сублинейный поиск по сжатым текстам.