Skip to main content

О лаборатории

Геномный ассемблер SPAdes 3.7.1 Инструмент для оценки геномных сборок QUAST 3

 

Лаборатория алгоритмической биологии создана на базе Санкт-Петербургского Академического университета РАН под руководством профессоров Павла Певзнера и Максима Алексеева и при поддержке Министерства образования и науки РФ (Постановление 220, «мегагрант»).

Лаборатория решает важнейшие алгоритмические и вычислительные задачи геномики и протеомики, находящиеся на острие биоинформатики и являющиеся источниками горячих научных споров. Мы сотрудничаем с ведущими экспертами в биоинформатике из США и России.

Сейчас мы работаем над следующими проектами:

  1. Новый подход к секвенированию и сборке геномов. Мы разрабатываем ассемблер, который может точно собирать геномы как бактерий, выводимых в изоляции, так и некультивируемых бактерий по данным из одной клетки. Это немаловажно для исследования микробиома человека и разработки новых антибиотиков.
  2. Новый подход к идентификации и секвенированию белков, антител и антибиотиков.

Лаборатория находится в Санкт-Петербурге.