Последняя версия геномного сборщика SPAdes использует новый универсальный алгоритм разрешения повторов ExSPAnder. Этот метод точно работает с несколькими библиотеками парных ридов как проектах секвенирования по одной клетке, так и в случае культивируемых клеток.
Теперь статья об алгоритме обуликована в журнале «Биоинформатика»: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/30/12/i293.full
English