QUAST — программа для оценки качества сборок

Наша лоборатория переехала в другой университет, и у нас теперь новый сайт.

Новую страница располагается здесь: QUAST

 

QUAST определяет качество геномных сборок. Может работать как при наличии референсного генома, так и без него. Удобен для сравнения разных сборок одного датасета.

Результатом работы является таблица с характеристиками каждой сборки, а также графики для некоторых метрик.

 

Руководство (англ.)

Веб-интерфейс (англ.)

QUAST@SEQWiki (англ.)

Статья в «Биоинформатике» (англ.).
Цитирование:

Alexey Gurevich, Vladislav Saveliev, Nikolay Vyahhi and Glenn Tesler,
QUAST: quality assessment tool for genome assemblies,
Bioinformatics (2013) 29 (8): 1072-1075.
doi: 10.1093/bioinformatics/btt086
First published online: February 19, 2013 

Цитирование других форматов статьи.

 

О нас пишут (англ.):

Новости:

  • 26 августа 2015 г.: Вышла версия 3.0. Установочный пакет стал легче в 5 раз, а также добавлены новые визулизации для МетаКваста, включая круговые диаграммы состава сборки «Крона».
  • 7 июля 2015 г.: Вышла долгожданная третья версия,  более точная и значительно более быстрая. Также в ней серьёзно обновлён MetaQUAST.
  • 17 января 2014 г.: Выпущен QUAST 2.3, поддерживающий графики выравнивания контигов на геном.
  • 3 июня 2013 г.: Выпущен QUAST 2.2 с поддержкой метагеномных сборок.
  • 11 марта 2013 г.: На «Биоинформатике» появилась откорректированная версия статьи (англ.)
  • 8 марта 2013 г.: «Геном-веб» написал заметку о программе (англ.)
  • 19 февраля 2013 г.: Статья опубликована на «Биоинформатике» (англ.)
  • 12 февраля 2013 г.: QUAST скачали тысячу раз!
Присылайте свои замечания, идеи и баг-репорты по адресу quast.support@bioinf.spbau.ru.

 

Примеры графиков, которые генерирует QUAST:

        

Примеры отчётов можно посмотреть здесь (англ.): сборка кишечной палочки по одной клетке, сборка 4-й хромосомы человека, сборка шмеля (B. impatiens)