Sibelia

Sibelia
Инструмент для обнаружения синтеничных блоков

Sibelia (Сибелия) — инструмент для использования в сравнительной биологии, помогающий анализировать патогенные гемные вариации, а также мутации, способствующие микробам адаптироваться к различным средам. Сибелию используют в исследованиях эволюционных геномных перестановок у множества микробных штаммов.

Сибелия используется для поиска (1) общих последовательностей, (2) последовательностей, присутствующих только в одной группе геномов, и (3) перестановок, преобразующих один геном в другие.

Вторая версия инструмента работает со множеством штаммов, разделя гемомы бактерий на синтенические блоки — цепочки сильно консервативных генов, общих для сравниваемых геномов. Сибелия представляет геномы в виде схем, удобных для публикации, либо в виде интерактивных форм для детального анализа.

Мы продолжаем активно работать над Сибелией. Если она имеет потенциал пригодиться вам в исследованиях, но ей пока недостаёт определённой функциональности, пришлите на vyahhi@bioinf.spbau.ru список пожеланий.

• Скачать исходный код и бинарники (Линукс, Мак и Виндоус)
• README, USAGE и INSTALL (англ.)
• Sibelia @ SEQWiki (англ.)
• Интерактивные примеры
• Для рецензентов статьи: скрипты, повторяющие все результаты из статьи
• Пишите баги и замечания сюда (англ.)

Публикации

Илья Минкин, Николай Вяххи, Шон Фам. «SyntenyFinder: A Synteny Blocks Generation and Genome Comparison Tool» (постер на WABI 2012)

Илья Минкин, Ананд Патель, Михаил Колмогоров, Николай Вяххи, Шон Фам. «Sibelia: A fast synteny blocks generation tool for many closely related microbial genomes» (отправлена в журнал)

Признательность

Работа поддерживается правительством Российской Федерации (грант 11.G34.31.0018), а также Национальными институтами здравоохранения США (грант 3P41RR024851-02S1).

Схемы, генерируемые Сибелией:

Схема иллюстриурет иерархическую структуру синтенических блоков между двумя штаммами Helicobacter pylori: F32 и Gambia94/24.
Staphylococcus aureus подвид aureus, штаммы JH1, N315, TW20 и MSSA476. Минимальный размер блока = 10 000 bp.	Pseudomonas aeruginosa, штаммы UCBPP-PA14, PAO1 и NCGM2.S1. Минимальный размер блока = 10 000 bp.	Helicobacter pylori, штаммы F32 и Gambia94/24. Минимальный размер блока = 5000 bp.