Submitted by vlad on 28 Feb 2013, Thu, 13:50
Новая версия геномного ассемблера SPAdes только что вышла в свет. 
Основная особенность этой версии — модуль, исправляющий ошибочные нуклеотиды. Это позволяет значительно сократить число замен, делеций и вставок в контигах и скаффолдах.
SPAdes 2.4 теперь также включает алгоритм разрешения повторов, основанный на прямоугольном графе. Это опциональный модуль, который может быть использован вместо стандартной процедуры разрешения повторов. Алгоритм на основе прямоугольных графов был раньше выпущен отдельно от ассемблера SPAdes, и поэтому его было труднее использовать. Теперь алгоритм можно попробовать, выставив одну доволнительную опцию при запуске ассемблера.
Кроме того, мы сократили потребление памяти в модуле корректировки ридов, а также улучшили качество сборки данных, полученных из клонированных клеток. Кроме того, мы исправили несколько небольших багов, некоторые из которых сообщили наши пользователи. Спасибо за ваши отзывы!
И в завершение, хорошие новости для пользователей Маков — теперь у нас есть бинарники для Мак-ОСи!
Вы можете скачать SPAdes 2.4 здесь.
English