Лаборатория алгоритмической биологии

Внимание, мы открыли новый набор:

• Студентов на летнюю стажировку в лабораторию алгоритмической биологии (2 летних месяца). Интересные задачи, хорошие условия. В прошлом году у нас проходило стажировку 9 студентов из СПбГУ, АУ и ИТМО. Трое из них продолжают работать в лаборатории.
• Абитуриентов в магистратуру по алгоритмической биоинформатике в Санкт-Петербургский Академический Университет (2012/2014). В прошлом году состоялся первый набор на данную специальность. У нас прекрасные условия обучения, полноценная full-time магистратура.
• Студентов на курсы по биоинформатике (2012/2013). Для тех, кто уже учится на старших курсах, либо работает, но хочет получить дополнительные знания в области биоинформатики и поучаствовать в научных проектах.

Дерзайте! Основные собеседования пройдут в мае-июне.

We announced two RECOMB satellites conferences to be held in St. Petersburg in August 2012:

• RECOMB Algorithmic Biology (AB), 27-29 August 2012.
• RECOMB Bioinformatics Education (BE), 26 August 2012.

RECOMB-BE is a continuation of previous three conferences (2009, 2010, 2011), while RECOMB-AB is new and focused on open algorithmic problems in bioinformatics.

Join us during this conferences!

Несмотря на то, что в российских реалиях начало года традиционно проходит в отсутствии зарплат, сотрудники лаборатории работали не покладая рук и выложили в открытый доступ релиз геномного сборщика SPAdes, включая исходные коды и руководство пользователя. Будем рады любым замечаниям.

Активная разработка SPAdes продолжается, поэтому следите за обновлениями — ожидаются многочисленные улучшения и добавление новых возможностей, в том числе поддержка jumping libraries.

Во вторник 20 декабря состоялась защита студентами-магистрантами научных проектов, которые они делали в этом семестре:

• Алексей Диевский, "ProtGen" (руководитель: Юрий Порозов).
• Ксений Крашенинникова, "Multiplex Spectrum Analysis" (руководитель: Кира Вяткина).
• Сергей Князев, "Бикластеризация в масс-спектрометрии" (руководитель: Сергей Николенко).
• Александр Кузьмин, "Разработка метода поиска сайтов транспозиции элементов LINE1 в индивидуальных геномах человека" (руководитель: Мария Самсонова).
• Илья Минкин, "Вычисление диаметра в задаче сортировки однохромосомных геномов транспозициями" (руководитель: Макс Алексеев).

Поздравляем ребят с успешной защитой и ждём не менее интересных проектов в следующем семестре!

Сегодня лабораторию посетил победитель второй волны мегагрантов профессор Стефан О'Брайн (Chief of the Laboratory of Genomic Diversity at NCI, NIH) и рассказал нам о своих планах по созданию лаборатории биоинформатики им. Ф.Г. Добжанского на базе биофака СПбГУ. Исследования в лаборатории Стефана будут сфокусированы на human gene discovery, comparative genomics, conservation and ethics. Также новая лаборатория будет осуществлять образовательную активность в области геномики и биоинформатики.

Так как наши вычислительные исследования прекрасно дополняют планируемые биологические исследования лаборатории Стефана в СПбГУ, то мы надеемся на плодотворное и многолетнее сотрудничество.

В течение октября сотрудники лаборатории подготовили и отправили 3 статьи на ведущую конференцию в области алгоритмической биологии. 

Статьи посвящены разрабатываему в лаборатории сборщику геномов, способному собирать геномы некультивируемых бактерий. Данные, получаемые при секвенировании таких бактерий отличаются большим количеством ошибок и неравномерным покрытием генома. Иметь возможность собирать геномы некультивируемых бактерий очень важно, в частности, для изучения микробиома человека и для разработки новых антибиотиков. Прочитать подробнее о технологии и областях примерения можно в статье Single Cell Genomics на нашем сайте.

Тезисы поданных статьей можно просмотреть на соответствующих страницах:

• SPAdes Genome Assembler
• SPAdes Path-Sets
• BayesHammer

Надеемся, что все статьи успешно пройдут ревью и будут приняты. Результаты станут известны в конце декабря 2011.

P.S. А между тем, Яков Сироткин и Макс Алексеев запустили веб-сервис анализа геномных перестроек Multiple Genome Rearrangements and Ancestors.

Сегодня состоялись финальные презентации стажёров по исследованиям, выполненным за два летних месяца. Проекты велись под руководством сотрудников лаборатории и состояли в решении научных и инженерных задач, применимых в актуальных проектах лаборатории (сборке генома, вычислительной протеомике). Стажёры, отлично выполнившие свои проекты, в ближайшее время присоединятся к нашему коллективу и продолжат работу в лаборатории на постоянной основе (в режиме, позволяющем совмещать это с учёбой).

В Академическом университете начался новый учебный год. В том числе для 7 магистрантов-первокурсников по специальности "алгоритмическая биоинформатика". Эта специальность открыта в 2011 году при поддержке лаборатории, а с программой можно ознакомиться на сайте кафедры.

Последние две недели все сотрудники лаборатории ели штрудели и шницели, а также посетили две замечательные международные конфененции по биоинформатике и вычислительной биологии:

• 14-21 июля в Вене: ISMB/ECCB 2011 — 19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 10th European Conference on Computational Biology, а также сопутствующие sattelite & SIGs meetings: HiTSeq 2011 (High Throughput Sequencing: Algorithms & Methodologies), RECOMB-BE (Bioinformatics Education) и MLSB (Machine Learning in System Biology).

• 22-25 июля в Москве: MCCMB 2011 — Moscow Conference on Computational Molecular Biology, проходившей в МГУ.

На этих конференциях сотрудниками лаборатории было представленно в общей сложности 4 доклада, 5 постеров и 1 демо. Подробный список можно просмотреть здесь (а также скачать слайды презентаций и постеры).

Поздравляем сотрудника нашей лаборатории Михаила Дворкина с выходом в Top 25 на соревнованиях Google Code Jam 2011 и желаем ему удачи на финальном раунде 29 июля в Токио!