Public

The paper "ExSPAnder: a universal repeat resolver for DNA fragment assembly" won the Outstanding Student Paper award at ISMB 2014! Congratulations to Andrey D. Prjibelski and Irina Vasilinetc.

The award is given to the undergraduate, Master’s or PhD student who presents the most thought-provoking or original paper at the Conference, as judged by the panel of experts.

ISMB 2014, the conference on computational biology took place in Boston at July 11–15, 2014. In addition to the paper, the Lab also presented a poster on SPAdes 3.0: "New Features in SPAdes Genome Assembler".

The paper "ExSPAnder: a universal repeat resolver for DNA fragment assembly" won the Outstanding Student Paper award at ISMB 2014! Congratulations to Andrey D. Prjibelski and Irina Vasilinetc.

The award is given to the undergraduate, Master’s or PhD student who presents the most thought-provoking or original paper at the Conference, as judged by the panel of experts.

ISMB 2014, the conference on computational biology took place in Boston at July 11–15, 2014. In addition to the paper, the Lab also presented a poster on SPAdes 3.0: "New Features in SPAdes Genome Assembler".

The recent version of SPAdes assembler was introduced with a novel universal repeat resolution method – ExSPAnder. The algortihm works accurately in the case of both single and multiple libraries of read-pairs in both standard and single-cell assembly projects.

Download SPAdes 3.11.1 Linux binaries

Download SPAdes 3.11.1 binaries for Mac OS

Download SPAdes 3.11.1 source code

SPAdes 3.11.1 manual

Back to SPAdes webpage

We just released SPAdes 3.1 with several improvements and bugfixes:
- Mate-pairs only assembly (for high-quality mate-pair libraries like Illumina NexteraMP)
- Unmapped BAM file support (like the ones produced from Torrent Server)
- Improved IonTorrent pipeline
- Fixed dipSPAdes bugs and user interface
- Better assemblies with mate-pair libraries
- Improved performance of repeat resolution module
Download new version at http://bioinf.spbau.ru/en/spades

Illumina announced SPAdes realease in their cloud-computing environment BaseSpace.

http://blog.basespace.illumina.com/2014/05/07/push-button-de-novo-assembly-with-the-spades-assembler-3-0

BaseSpace is the first cloud environment directly integrated into Illumina industry-leading sequencing platform. It allows sequencing labs easily and securely analyze, archive, and share sequencing data.

Подробности и подача анкеты на сайте школы.

In English: 

• Microwell-based Single Cell Sequencing Technique Reduces Amplification Bias // GenomeWeb, 12 November 2013

• How Spades differs from Velvet // The Genome Factory, 30 August 2013

• Metagenomics, Single-Cell Sequencing Combo Yields Near-Full Genome for Uncultured Candidate Phylum // GenomeWeb, 11 June 2013

• DNAnexus Launches Developer Program, Creating App Incubator for Genomic Data Analysis // Business Wire, 04 June 2013  

• SPAdes and MaSuRCA Assemblers Performed Best in GAGE-B Evaluation // Homologus, 20 May 2013

• Venter Institute-Led Team Recovers and Sequences Genome of Periodontal Pathogen from Biofilm in Hospital Sink using Single-Cell Genomics // JCVI press release, 05 April 2013

• Researchers Develop Method to Assess Genome Assemblies Without a Reference and with Fewer Metrics // GenomeWeb, 8 March 2013

• Heads Up for Readers – SPAdes vs Ray Benchmarking is Done // Homologus, 1 October 2012

• Rosalind Project at Algorithmic Biology Laboratory, St. Petersburg // Homologus, 18 September 2012

• From de Bruijn Graphs to Rectangle Graphs for Genome Assembly // Homologus, 12 September 2012

• U.S.-Russian Collaboration Develops New Method for Sequencing Dark Matter of Life from a Single Cell // Calit2, 12 August 2012

По-русски:

• «В День российской науки «АстраЗенека Россия» объявила о новом партнерстве в области исследовательской информатики» // АстраЗенека, 8 февраля 2014
• «Бактериальное чтиво» // Коммерсантъ, 3 сентября 2013
• «Время биоинформатики» // Открытые системы, Computerworld Россия, 18.03.13
• «Расширяющиеся горизонты» // Открытые системы, Computerworld Россия, 18.03.13
• «Зачем реверс-инжинирить генетический мусор?» // PC Week, 15.03.13
• «Будущее генной инженерии определит фантазия ученых» // Невское время, 23.09.12
• «На пути расшифровки геномов «темной материи жизни» стоят правила финансирования мегагрантов» // Полит.ру, 19.09.12
• «Требуется миллион клеток, чтобы прочесть раковый геном» // Полит.ру, 17.09.12
• «Российская наука перед новой угрозой» // Полит.ру, 06.09.12
• «Хочу стать — биоинформатиком?» // Троицкий вариант № 105, c. 3, "Наука и общество", 05.06.12
• «Персональная медицина и ассемблирование геномов: пазл с миллиардом частей» // Полит.ру, 09.05.12
• «На стыке наук» // "Я Леонардо" №2 сентябрь 2011
• «Я жду, когда мне поставят компьютер» Американский ученый Павел Певзнер считает, что российскую науку могут спасти только деньги и современная система организации // "Невское время", 16.07.2011
• «Алгоритм возвращения» // Электронное издание «Наука и технологии России», 16.06.11
• «Умнее не бывают» Дмитрий Медведев поговорил с учеными о состоянии науки и антинауки в России  // Газета "Коммерсантъ", №91 (4632), 24.05.2011
• «Медведев встретится с ведущими учеными» // Newsland, 23.05.2011
• «Я предвижу много потенциальных проблем» Интервью с победителем конкурса мегагрантов биоинформатиком Павлом Певзнером // ПОЛИТ.РУ, 25 ноября 2010